Calcuates Genotype by Environment Interaction Effects

ge_effects(.data, .y, .gen, .env)

# S3 method for default
ge_effects(.data, .y, .gen, .env)

Arguments

.data

data.frame

.y

Response Variable

.gen

Genotypes Factor

.env

Environment Factor

Value

Effects

References

Singh, R. K. and Chaudhary, B. D. (2004) Biometrical Methods in Quantitative Genetic Analysis. New Delhi: Kalyani.

Examples

data(ge_data) Yield.Effects <- ge_effects( .data = ge_data , .y = Yield , .gen = Gen , .env = Env ) names(Yield.Effects)
#> [1] "ge_means" "ge_effects" "gge_effects"
Yield.Effects$ge_means
#> # A tibble: 60 x 12 #> # Groups: Gen [60] #> Gen FSD FSDR Okara Sargodha Gujranwala KotNaina KSK Khanewal Sahiwal #> <fct> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> #>  1 013B… 4816 4524. 4048. 4508 3896. 3285 3717 5038. 4772 #>  2 1225… 4880. 4156. 2984. 4754 4292. 4092 3124. 4971 4758. #>  3 1225… 4135 4136 4377 4688. 4425 3744. 3011 5012. 5322. #>  4 12B.… 5899 4038. 3842. 5766 4716. 4084. 3074 4851 4659 #>  5 12FJ… 4518 4348 3041 4022. 3942. 4094. 4202 4908. 4206. #>  6 14B.… 4070. 3834. 3606. 5075 3225 3992 3222. 4770 4535 #>  7 14C0… 3660. 4018. 2951 3980. 4693 3508. 3566. 4918. 4165 #>  8 14C0… 5011 4152. 3313 3895 3764. 2884. 3566 4392. 3968 #>  9 9496 4589 3716 3781 4142. 4358. 3927 2948. 4995 4688. #> 10 AUR0… 4966. 3782. 3850 4054 3984. 3505 2684 4448. 4324. #> # ... with 50 more rows, and 2 more variables: Bhakkar <dbl>, #> # Bahawalnagar <dbl>
Yield.Effects$ge_effects
#> FSD FSDR Okara Sargodha Gujranwala #> 013BT034 -5.151515e-02 273.56515 226.32348 -283.85985 -305.526515 #> 122557 2.495848e+02 90.70152 -652.54015 147.27652 275.609848 #> 122559 -6.921424e+02 -125.02576 544.73258 -114.45076 212.882576 #> 12B.2511 9.160394e+02 -378.34394 -146.58561 807.23106 347.564394 #> 12FJ26 -1.077788e+02 288.33788 -589.90379 -579.08712 -69.253788 #> 14B.1030 -4.934606e+02 -164.34394 37.41439 535.23106 -723.935606 #> 14C036 -8.510061e+02 72.11061 -565.63106 -507.81439 796.518939 #> 14C040 6.174030e+02 325.01970 -85.72197 -474.40530 -15.071970 #> 9496 -5.205152e+01 -358.93485 134.82348 -475.35985 331.473485 #> AUR0809 6.050848e+02 -12.79848 484.45985 -282.22348 238.109848 #> AUR0810 -4.031879e+02 -343.07121 319.18712 1129.50379 300.337121 #> AZRC11 3.914939e+02 358.61061 156.36894 -436.81439 -909.481061 #> AZRC18 -4.548697e+02 -107.25303 -119.49470 264.32197 -324.844697 #> AZRC20 7.444030e+02 396.01970 -316.22197 48.59470 -1123.571970 #> BARDC1016 -7.850970e+02 -26.48030 764.77803 -414.40530 -485.071970 #> CT12176 -1.332415e+03 -173.79848 -250.04015 384.27652 491.109848 #> DANI16 -7.305152e+01 109.06515 64.32348 -743.35985 -205.526515 #> DN111 -4.570970e+02 -410.98030 -614.72197 -131.40530 -205.071970 #> DN117 -2.719606e+02 -48.84394 339.41439 227.23106 564.564394 #> DN126 5.435848e+02 15.20152 142.95985 127.77652 204.109848 #> FAISALABAD08 5.038576e+02 -108.52576 -541.76742 480.04924 1035.882576 #> IVI -2.506879e+02 70.92879 384.18712 -890.49621 478.337121 #> IVII 3.963030e+01 26.24697 -1008.49470 -144.17803 1505.655303 #> KT325 -2.152333e+02 32.38333 -383.85833 589.45833 -851.208333 #> KT335 -7.582333e+02 -292.11667 -325.35833 449.95833 -376.208333 #> LOCAL CHECK 2.488121e+02 329.42879 400.18712 -491.49621 -2.162879 #> MSH3 1.690303e+01 -165.48030 415.27803 -576.40530 314.428030 #> NIBGE GANDUM3 3.726758e+02 168.79242 610.55076 346.86742 -611.299242 #> NIBGE GANDUM4 -3.585970e+02 -31.98030 304.27803 40.59470 96.428030 #> NR443 -6.058242e+02 -40.70758 -208.44924 -404.63258 -329.299242 #> NR448 1.340394e+02 -434.84394 -248.58561 -120.26894 -35.935606 #> NR487 -4.161879e+02 -201.57121 -259.81288 336.00379 -539.662879 #> NR488 4.481758e+02 111.79242 -327.94924 348.86742 -553.799242 #> NR491 8.444848e+01 70.56515 -1109.67652 769.14015 146.973485 #> NRL1123 6.040303e+01 283.51970 -684.72197 948.09470 181.928030 #> NRL1206 -3.652788e+02 -78.16212 489.59621 278.41288 705.746212 #> NW181838 4.521303e+02 -166.75303 -277.99470 1039.82197 -529.344697 #> NW5201 -7.328242e+02 -218.70758 -332.44924 456.86742 -145.799242 #> PAKISTAN13 5.676758e+02 -579.70758 -165.44924 20.36742 1051.200758 #> PR115 -2.232424e+01 -363.70758 20.55076 -617.13258 328.700758 #> PR118 2.158121e+02 403.92879 581.68712 145.00379 -488.162879 #> PR119 -8.027879e+01 519.83788 -173.40379 398.91288 -176.753788 #> PR120 8.297667e+02 365.38333 -362.35833 -145.04167 310.791667 #> PR121 3.388576e+02 -404.52576 369.73258 521.54924 57.882576 #> QS3 1.736758e+02 769.29242 -14.44924 -654.63258 444.700758 #> SD1013 -8.073333e+01 475.38333 109.14167 -528.54167 -25.208333 #> SRN13121 5.020848e+02 140.70152 729.95985 111.27652 171.109848 #> TWS12155 3.839485e+02 120.06515 175.32348 -20.85985 54.473485 #> TWS12245 7.639939e+02 -95.38939 -78.63106 105.18561 412.518939 #> TWS12464 2.284939e+02 -283.38939 283.86894 220.68561 -302.481061 #> UOS1 -5.336424e+02 300.47424 -171.76742 -194.95076 64.882576 #> V12066 -4.630515e+02 -200.93485 581.32348 133.14015 311.973485 #> V13348 -7.265061e+02 -104.88939 704.36894 17.68561 -1025.981061 #> V14154 2.472121e+01 -76.66212 326.59621 74.41288 -21.753788 #> V14168 2.159030e+02 -239.48030 110.27803 -656.90530 500.928030 #> V14170 8.146303e+02 216.24697 -47.49470 -324.67803 -811.344697 #> V14225 3.152667e+02 89.88333 -243.85833 -108.54167 -517.708333 #> V14227 3.782212e+02 131.33788 519.59621 -772.58712 -427.753788 #> WBG14 -1.365061e+02 -134.38939 -166.63106 -688.81439 86.018939 #> WV1038 -4.616424e+02 -183.02576 142.73258 279.54924 116.382576 #> KotNaina KSK Khanewal Sahiwal Bhakkar #> 013BT034 -661.37652 60.29015 132.190152 107.423485 419.090152 #> 122557 330.75985 -348.07348 250.826515 278.059848 -286.273485 #> 122559 -213.96742 -656.80076 96.099242 646.832576 157.499242 #> 12B.2511 -29.78561 -749.61894 -221.218939 -172.485606 -124.318939 #> 12FJ26 337.39621 735.56288 192.462879 -267.803788 127.362879 #> 14B.1030 297.71439 -182.11894 116.781061 122.514394 248.681061 #> 14C036 -133.33106 214.33561 317.735606 -195.031061 567.135606 #> 14C040 -640.42197 331.74470 -90.355303 -274.121970 -63.455303 #> 9496 155.62348 -534.20985 264.690152 198.923485 290.590152 #> AUR0809 14.25985 -517.07348 -2.173485 114.559848 -393.273485 #> AUR0810 -345.01288 -225.34621 -262.946212 -48.212879 27.953788 #> AZRC11 50.66894 375.33561 -193.764394 233.968939 -128.364394 #> AZRC18 -144.69470 62.47197 562.871970 -421.894697 226.271970 #> AZRC20 191.07803 268.74470 121.144697 -102.121970 -49.955303 #> BARDC1016 296.07803 660.74470 -636.355303 88.878030 654.044697 #> CT12176 487.25985 393.42652 46.326515 152.059848 156.226515 #> DANI16 -71.87652 398.29015 605.690152 -105.076515 187.590152 #> DN111 -41.92197 32.24470 426.144697 614.878030 238.044697 #> DN117 -41.28561 -769.11894 96.281061 142.514394 -175.318939 #> DN126 30.25985 -1195.07348 202.826515 442.059848 -43.773485 #> FAISALABAD08 -442.96742 -573.80076 -169.900758 88.332576 29.999242 #> IVI -722.01288 -204.34621 410.053788 261.787121 378.953788 #> IVII -499.19470 361.97197 -215.128030 -298.394697 195.771970 #> KT325 -397.55833 270.60833 7.008333 442.741667 63.908333 #> KT335 69.94167 -179.39167 237.008333 58.241667 312.908333 #> LOCAL CHECK -379.01288 -306.84621 710.053788 -222.212879 -172.546212 #> MSH3 204.07803 -230.25530 -114.855303 442.378030 84.044697 #> NIBGE GANDUM3 -723.14924 17.01742 -82.082576 134.150758 -203.182576 #> NIBGE GANDUM4 164.57803 -70.75530 217.144697 -276.621970 7.044697 #> NR443 201.35076 632.51742 432.917424 -8.849242 107.317424 #> NR448 45.21439 1033.38106 -458.718939 -85.485606 57.681061 #> NR487 129.98712 18.65379 -84.446212 387.787121 371.453788 #> NR488 -560.64924 -103.48258 12.417424 361.650758 183.317424 #> NR491 -223.37652 25.79015 92.690152 339.423485 -240.909848 #> NRL1123 268.57803 -133.75530 140.144697 -455.621970 -217.955303 #> NRL1206 -481.60379 392.56288 -408.537121 -396.803788 -198.137121 #> NW181838 -34.69470 -312.52803 138.871970 -246.894697 30.271970 #> NW5201 705.85076 -402.98258 330.917424 -64.349242 212.817424 #> PAKISTAN13 59.35076 -67.98258 38.917424 -349.849242 -328.182576 #> PR115 698.35076 33.01742 77.417424 123.650758 -290.182576 #> PR118 78.98712 -10.84621 -361.946212 -97.212879 -398.046212 #> PR119 -115.60379 164.06288 -205.037121 40.196212 -50.637121 #> PR120 -75.55833 -143.39167 -101.491667 37.741667 -379.091667 #> PR121 579.53258 143.19924 -676.400758 -714.667424 -300.500758 #> QS3 -600.64924 526.01742 -408.082576 154.150758 129.317424 #> SD1013 388.94167 1089.60833 -127.491667 -926.758333 -329.091667 #> SRN13121 -86.24015 214.92652 -748.173485 -1132.440152 -335.773485 #> TWS12155 -176.87652 45.79015 -441.809848 323.923485 -352.909848 #> TWS12245 -200.83106 -501.16439 -154.264394 -221.531061 -79.864394 #> TWS12464 -448.83106 280.33561 17.235606 102.468939 -386.864394 #> UOS1 598.53258 -175.30076 308.099242 292.332576 -319.000758 #> V12066 -602.87652 279.29015 -444.309848 -61.576515 271.590152 #> V13348 439.66894 231.33561 72.235606 481.968939 25.635606 #> V14154 239.89621 -57.93712 -470.037121 -290.303788 -66.137121 #> V14168 360.57803 -212.75530 -300.355303 604.878030 -162.955303 #> V14170 545.30530 -256.02803 64.371970 191.605303 -202.728030 #> V14225 -314.55833 41.10833 -15.991667 -66.258333 550.408333 #> V14227 330.39621 242.56288 95.462879 -591.303788 -41.637121 #> WBG14 115.66894 106.33561 579.735606 72.468939 -13.864394 #> WV1038 994.03258 -562.30076 -18.900758 9.332576 21.999242 #> Bahawalnagar #> 013BT034 31.93182 #> 122557 -335.93182 #> 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